Universitas Swadaya Gunung Jati didirikan pada tanggal 16 Januari 1961 dengan tujuan membantu pemerintah daerah dalam melaksanakan pembangunan, khususnya pembangunan sumber daya manusia melalui pendidikan tinggi. Hal itu dirasakan perlu, karena pada saat itu banyak lulusan Sekolah Menengah Atas Cirebon yang pergi ke kota-kota besar seperti Jakarta, Bandung, dan Yogyakarta untuk dapat mengikuti pendidikan tinggi. Tentu, dalam pelaksanaannya menyedot biaya besar. Prakarsa masyarakat untuk mendirikan sebuah perguruan tinggi mendapat respons positif dari kalangan institusi resmi pemerintah, baik sipil maupun militer serta masyarakat pendidik yang ada di Cirebon. Maka didirikanlah Yayasan Pendidikan Swadaya Gunung Jati dengan Akta Notaris Mr. Djoko Mardedjo nomor 29 tanggal 16 Januari 1961.
Universitas Swadaya Gunung Jati sebagai lembaga pendidikan tinggi pada awal- awal tahun pendiriannya belum mempunyai ruang kuliah yang tetap. Tahun 1967 Fakultas Pertanian UGJ memperoleh kampus tetap, yaitu bekas SMA Garuda (sekarang SMA Negeri 2 Cirebon), sebuah sekolah yang berada di bawah naungan BAPERKI yang diambil alih oleh pemerintah karena terlibat G30SPKI.
Pada saat baru berdiri Fakultas Pertanian hanya mempunyai dua fakultas, yaitu Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi, yang jumlah mahasiswanya ketika itu banyaknya lebih kurang 300 mahasiswa. Kemudian pada tahun 1979 IKIP PGRI Ciwaringin Cirebon bergabung dalam lingkungan Fakultas Pertanian menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan. Pada tahun 1983 didirikan tiga fakultas baru, yaitu Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Pertanian, dan Fakultas Teknik.
Fakultas Pertanian didirikan bersamaan dengan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dan Fakultas Teknik berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Kebudayaan No. I SK Pendirian 0810/0/1989 tanggal: 19 Oktober 1989, pejabat penandatanganan: Soetanto Wirjoprasonto/Sekjen Kemendikbud. Fakultas Pertanian mempunyai dua Program Studi yaitu Agribisnis dan Agroteknologi. Program Studi Agroteknologi didirikan pada tanggal 11 September 1989 dengan No SK Pendirian PS yaitu 0810/0/1986 dan dengan nama jurusan Budidaya Pertanian. Program studi Budidaya Pertanian mengalami beberapa kali pergantian nama Program studi yaitu pada tahun 2007, jurusan Budidaya Pertanian berganti nama menjadi Program studi Agronomi dan pada tahun 2011 menjadi Program studi AAgroteknologi.
Fakultas Pertanian berupaya untuk melaksanakan Tridarma Perguruan Tinggi melalui pengarahan segenap potensi yang dimiliki untuk penerapan pengembangan dan penguasaan teknologi mutakhir terutama teknologi aplikatif dalam rangka menunjang program Pembangunan nasional dalam bidang pertanian secara berkesinambungan. Peningkatan kualitas Fakultas Pertanian terus dilakukan ini dibuktikan dengan hasil akreditasi program studi Agroteknologi dan Agribisnis yang terakreditasi “A” pada Tahun 2020.